Lunes por la mañana y no se que ha pasado pero en el firefox de mi ubuntu, y en el de todos los de la empresa (usamos la 10.04 LTS), los applets han dejado de funciona. No he encontrado mucha información al respecto por internet pero he lincado a mano la librería y parece que todo vuelve a funcionar correctamente. Lo dejo aqui escrito por si puede servir a alguien más.

ln -s /usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/lib/i386/libnpjp2.so   $HOME/.mozilla/plugins/libnpjp2.so

Algo tiene que ver con el plugin de java (sun-java6-plugin) porque usando el icedTea los applets funciona, el problema es que el icedTea usa una implementación de java que no es la de sun y en algunos temas de firma no funciona todo lo bien que me gustaría...

Seguiré investigando un poco más sobre el tema durante la semana, pero justo hoy necesitaba que los applets funcionaran para poder seguir con un proyecto, así que temporalmente me voy a quedar con la solución del link manual...