Para ejecutar un cgi en Tomcat, en primer lugar debemos renombrar el servlet-cgi correspondiente:

$ cd /usr/local/tomcat/
$ mv server/lib/servlet-cgi.renametojar server/lib/servlet-cgi.jar

En el archivo conf/web.xml debemos activar el servlet CGI incorporando (descomentar) lo siguiente:

$ vim conf/server.xml

    <servlet>
        <servlet-name>cgi</servlet-name>
        <servlet-class>org.apache.catalina.servlets.CGIServlet</servlet-class>
        <init-param>
          <param-name>debug</param-name>
          <param-value>0</param-value>
        </init-param>
        <init-param>
          <param-name>cgiPathPrefix</param-name>
          <param-value>WEB-INF/cgi</param-value>
        </init-param>
         <load-on-startup>5</load-on-startup>
    </servlet>

    <servlet-mapping>
        <servlet-name>cgi</servlet-name>
        <url-pattern>/cgi-bin/*</url-pattern>
    </servlet-mapping>

Es importante notar que se dispondrán los CGI´s en WEB-INF/cgi y que el mapeo en la url correspondrá a cgi-bin.

Posteriormente creamos un CGI en webapps/test-cgi/WEB-INF/cgi/test.cgi

$ cd webapps
$ mkdir -p test-cgi/WEB-INF/cgi
$ cd test-cgi/WEB-INF/cgi
$ vim test.cgi

#! /usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n"
print "hola mundo";

Reiniciamos el servidor Tomcat:

$ /etc/init.d/tomcat stop
$ /etc/init.d/tomcat start